GRUPPO PRE- E POST-PROCESSING:

i membri del gruppo hanno fornito le reti da espandere e ne hanno scaricato una di 7000 geni dal database Agris, Arababidopsis Gene Regulatory Information Server.Questa rete è stata divisa in sotto-reti composte da mille geni l’una.
Il gruppo pre- e post-processing ha anche applicato diversi metodi per estrarre le sotto-reti, come:
a. Rimuovere gli hub, che sono i geni con molte connessioni.
b. Cercare i componenti connessi applicando l’algoritmo di Markov clustering o il linking clustering.
c. Estrarre le sotto-reti composte dai vicini.
Per fornire i dati sull’espressione genica da dare all’algoritmo di espansione, gli studenti hanno scaricato gli esperimenti sulle piante e i loro patogeni, assieme a 143 esperimenti sull’Arabidopsis dal database PlexDB.
Un altro compito implementato è stata la validazione interna del PC-IM.

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GRUPPO CLIENT:

questo gruppo ha implementato l’algoritmo di Peter-Clark (PC) e il PC-Iterative Method (PC-IM), un nuovo metodo per espandere reti sviluppato dall’università di Trento e dalla fondazione Edmund Mach.
Il gruppo client ha compilato BOINC sotto Linux, e sviluppato una versione C++ dell’algoritmo PC. Inoltre, ha scritto una libreria per interfacciarsi alle API BOINC, utilizzando un tipo particolare di variabile.

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GRUPPO SERVER:

questo gruppo ha studiato il PC-IM nel linguaggio R, e l’ha poi implementato in C. Gli studenti hanno testato il server BOINC su una macchina virtuale e l’hanno installato su un server di Linux creando il progetto, configurando tutti i componenti necessari e testando gli output ottenuti dal gruppo client, per il quale hanno anche distribuito i dati.

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GRUPPO COMUNICAZIONE:

il compito principale di questo gruppo è stato condividere col mondo la ricerca scientifica fatta e cercare volontari in grado di essere d’aiuto nello svolgimento del progetto. Per questa ragione, gli studenti hanno sviluppato un sito, con lo scopo di mostrare il lavoro fatto dai vari gruppi.
Alcuni dettagli includono programmare il codice del sito, elaborarne la struttura e fornirne i contenuti.

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UNIVERSITY OF TRENTO:

Over its 50 years of history, the University of Trento has been known for its propension towards international relations and mobility and for the quality of its research and education offer. These features have led the University of Trento to reach prominent positions in national and international university rankings.

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FONDAZIONE EDMUND MACH:

The Edmund Mach Foundation conducts scientific research, education and training, testing, consulting and services to companies in the sectors agriculture , agri-food and environmental . Its management is based on the criteria of efficiency, economy and transparency and non-profit making organization. The Foundation continues the aims and activities of the Institute of Agricultural San Michele, founded by diet in Innsbruck January 12, 1874, and the Centre for Alpine Ecology set up by provincial law August 31, 1992, n. 17.

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CONSIGLIO NAZIONALE DELLE RICERCHE:

The National Research Council of Italy (CNR) is a public organization; its duty is to carry out, promote, spread, transfer and improve research activities in the main sectors of knowledge growth and of its applications for the scientific, technological, economic and social development of the Country.

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